Kaiser Joseph II. hatte kein Erbarmen: Entsprach die Arbeit eines Ordens nicht seinen Vorstellungen, hob er ihn auf. So mussten auch die Augustiner-Chorherren 1782 nach 640 Jahren Seckau aufgeben. Das Kloster verfiel. Ein weiteres politisches Ereignis sollte dann im 19. Jahrhundert jedoch eine neuerliche Wende bringen: Der deutsche Reichskanzler Otto von Bismarck forderte eine Neuordnung des Verhältnisses zwischen Staat und (katholischer) Kirche, heute bekannt unter dem Namen „Kulturkampf“. Dies veranlasste die Mönche der Benediktinerabtei Beuron in Baden-Württemberg, Zuflucht in der Ferne zu suchen, wobei sie unter anderem in Seckau fündig wurden.