ÖVP und FPÖ hatten - nach Änderung des Bundesministeriengesetzes - mächtige Generalsekretäre ohne Ausschreibung bestellt und ihnen Anspruch auf Beamtenstatus gegeben und sie allen Sektionschefs der Ministerien übergeordnet.
Diese Vorgehensweise sorgte für heftige Kritik. Die SPÖ hatte ausgerechnet, dass sich die Kosten für die elf Generalsekretariate und ihre Büros auf rund 5,5 Millionen Euro jährlich belaufen. Nach der Kritik an der Bestellung der Generalsekretäre, präzisierte die Regierung im Gesetz, dass diese nur befristet auf die Dauer der Amtszeit des Regierungsmitgliedes bestellt werden. Damit endet deren Amtszeit bald.
Einige dieser Vertrauensleute der Minister machten für sie unangenehme Schlagzeilen: Peter Goldgruber im Innenministerium wegen seiner Rolle in der BVT-Affäre, Wolfgang Baumann im Verteidigungsministerium mit dem Wunsch, in allen Kasernen in die Fotogalerie aufgenommen zu werden und zuletzt Christian Pilnacek, dem von der Korruptionsstaatsanwaltschaft vorgeworfen wird, er hätte das Eurofighter-Verfahren abwürgen wollen.
