Er habe bei Staatschef Francois Hollande seinen Rücktritt eingereicht, sagte der Sozialist am Dienstag in Bobigny bei Paris.
Die französische Finanz-Staatsanwaltschaft hatte bereits Vorermittlungen in der Sache eingeleitet. Le Roux hatte einem Fernsehsender bestätigt, als Abgeordneter seine beiden Töchter zeitweise als parlamentarische Mitarbeiterinnen beschäftigt zu haben.
Le Roux räumte am Dienstag ein, er habe seine Töchter in den Sommerferien eingestellt. Dies sei aber nicht rechtswidrig gewesen. Wegen der Affäre wird bereits gegen ihn ermittelt. Neuer Innenminister wird der deutsch-französische Politiker Matthias Fekl, der bisher Staatssekretär für Außenhandel war, wie das Präsidialamt mitteilte.
Vor der ersten Runde der Präsidentenwahl am 23. April sind Vorwürfe der Günstlingswirtschaft ein heißes Eisen. Der konservative Kandidat Francois Fillon büßte in Umfragen seinen Vorsprung ein, nachdem der Vorwurf aufkam, er habe seine Ehefrau jahrelang zum Schein beschäftigt. Er hat die Vorwürfe zurückgewiesen.