Karl Pirker wurde am 9. September 1940 in St. Veit an der Glan geboren, maturierte 1962 am Bundesgymnasium in Klagenfurt. Anschließend absolvierte er seine philosophisch-theologischen Studien in Klagenfurt und Salzburg. 1967 wurde Pirker in Klagenfurt zum Priester geweiht. Von 1968 bis 1971 war Pirker Kaplan in St. Marein im Lavanttal. Anschließend wirkte er ein Jahr als Provisor in Rangersdorf. Von 1972 bis 1980 war Pirker Präsens des Kolpinghauses in Spittal/Drau. Von 1975 bis 1990 war er Provisor in der Pfarre Kamering, von 1975 bis 1977 war Pirker überdies für die Pfarre Amlach verantwortlich. 1984 promovierte er an der Universität Salzburg in Theologie,1989 an der Universität Klagenfurt in Philosophie.